El territorio d elo que hoy es La Ceja estuvo habitado por los indios Tahamíes, tribu pacífica dedicada a la agricultura, fundamentalmente el cultivo del maíz. Hacia 1541 llegaron los conquistadores españoles a la localidad, al mando del Álvaro de Mendoza, lugarteniente del mariscal Jorge de Robledo. Al arribar Mendoza a esta comarca descubrio un extenso y fertil valle colmado de hermosas y verdes praderas surcado por abundantes y limpias aguas. Lo denominó Valle de Santamaría, el cual hoy día se conoce como Valle de la Ceja del Tambo.
La Ceja fue elevada a la categoría de municipio en 1855; catorce años después, en 1869, Le Ceja contaba ya con varios lugares importantes además de la cabecera municipal.
La Ceja Del Tambo es conocido con el apelativo del "municipio mejor trazado".
